به گزارش آوای نشاط، مسئولان جدید این انجمن که وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فن‌آوری است و به منظور «کمک به توسعۀ پژوهش در زمینه‌های حکمت اسلامی»، «کوشش برای احیای جایگاه ویژۀ ایران در فلسفۀ اسلامی»، «کوشش برای نشر فرهنگ فکر و اندیشۀ فلسفی و منطقی در جامعه و ارتقای سطح دانش و بینش اسلامی» و... راه‌اندازی شده است، به‌گونه‌ای در فضای مجازی اظهارنظر می‌کنند که نشان‌دهنده بغض شدید آنها نسبت به نظام اسلامی است.
متأسفانه طی دوره جدید ریاست مؤسسه، اتفاقات مهمّی را در حذف برخی اساتید و گروه‌های پژوهشی شاهد بودیم که در جهت اهداف نظام فعالیت می‌کردند؛ از جمله حذف گروه «فلسفه علوم انسانی اسلامی» به بهانه این‌که گروه «مطالعات علم» در مؤسسه به مأموریت محتوایی آن گروه هم خواهد پرداخت و البته گروه مطالعات علم با تغییرترکیب توسط ریاست جدید، اساساًً اعتقادی به علوم انسانی اسلامی با رویکرد اسناد بالادستی ندارد.
در کنار این تسویه‌حساب‌های ایدئولوژیک اما ریاست جدید مشغول جذب اعضای جدید هیئت علمی‌با همین رویکرد محتوایی و سیاسی بوده است و قطعاً در آینده‌ای نه چندان دور، این مؤسسه دوباره کانون رشد و معرّفی اساتید جدید شبه‌روشنفکر و مهاجر به دانشگاه‌های آمریکا و کانادا خواهد شد.
معلوم نیست وزارت علوم با چه توجیهی اقدام به جایگزینی این گروه خودباخته در چنین مؤسسه مهمی‌کرده و چرا نهادهای نظارتی تاکنون سکوت کرده‌اند؟
